১৯৯৮ সাল থেকে গোপনে কার্যক্রম শুরু করলেও ২০০৪ সালের ১ এপ্রিল রাজশাহীর বাগমারা উপজেলার হামিরকুৎসায় আত্মপ্রকাশ করে জেএমবি। তৎকালীন বিএনপি জোট সরকারের আমলে জেএমবি সদস্যরা বাগমারা, নওগাঁর আত্রাই-রানীনগর, নাটোরের নলডাঙ্গায় সর্বহারা দমনের নামে প্রকাশ্যে গলা কেটে হত্যা করে ১৩ জনকে। পাশাপাশি জঙ্গি সংগঠনটির নেতা শায়খ আব্দুর রহমান, সিদ্দিকুর রহমান ওরফে বাংলা ভাই এবং তাদের সহযোগীদের নির্যাতনে পঙ্গুত্ব বরণ করেন কমপক্ষে ২০ জন। দুর্বিষহ সেই নির্যাতনের স্মৃতি আজও তাড়া করে ফেরে তাদের।